sometimes

Chapter14. Messesnger RNA processing I: splicing

- post transcritional modification

- cotranscriptional event →transcription과 같이 일어남

                            →3개의 과정이 각각 동시에 일어남(coordinated)

14.1 Gene in pieces

- Intron = intervening sequences = IVSs

- Exon = coding regions = expressed regions

14.1.1 Evidence for split genes

- considerably longer introns

  tRNA & RNA에는 intron이 가끔있음

- single strand-DNA + mRNA           hybridazation

     → R-looping out

14.1.2 RNA Splicing

- coding sequense →Pre-mRNA →RNA

        Primary transcript       Mature transcript

- spricing 증거

 heterogeneous nuclear RNA가 존재 : 핵안의 RNA size가 들쭉날쭉 함

 These hnRNA은 모두 mRNA보다 size가 큼

 These hnRNA는 모두 핵밖으로 나오지 않음

 Splicing은 바로 일어남

- double strand-DNA + mRNA precusor → R-loop 가 없음

14.1.3 Splicing Signals

-자르고 붙이는 sequense

- 5' intron = 5' splicing site : 대부분 GU로 시작 AG로 끝남

    exon/GU-intron-AG/exon

- mammals

    5' -AG/GUAAGU-intron-YNCURAC-YnNAG/G-3'

 (Y=U or C R=A or G)

- yeast

    5'-/GUAUGU-intron-UACUAAC-YAG/-3'

- A : 절대 변하지 않는 A

14.2 The Mechanism of splicing nuclear mRNA precursors

14.2.1 A branched intermediate                  p

- 2'에도 phosphodise band가 형성됨              l

- A = branch point                              O 2'

- intron: 2' →5' bond                    5'    ㅣ   3'

   exon: 3' → 5' bond             ...p ㅡ O ㅡ A ㅡO ㅡ p...

- Lariat-shaped intron 형성

  환상구조가진 mRNA는 이상한 gel mobility를 가짐 → branched의 증거

  (gel 농도에 따라 이동속도가 비례하짐 않음)

14.2.2 A signal at the Branch

- U47NC63U53R72A91C47

- splicing 에 꼭 필요한거

  5' - and 3' - ends

  A

14.2.3 Spliceosomes

- mRNA에 protein이 붙어 complex를 만듬 = spliceosme

- snRNPs : snRNA와 Protein 결합 → splicing유도 (U1, U2, U4, U5, U6)

  (small nuclear ribonucleoproteins)

- 5'site에 U1 binding

→5'site에 U6 binding

→branch point에 U2 binding

→ 양쪽 exon인식 U4, U6에 U5 binding

→ U4가 나옴

→ U1이 나옴

→U1자리에 U6이 옴 → active form: 이제부터 splicing 일어남

14.2.4 Commitment, Splice Site Selection, and Alternatice Splicing

- 도움을 주는 factor존재: slu7, U2AF(3'SS에), SC35(5'SS에)

- Slu7: Slu7이 없으면 3'ss를 정확하게 인식을 못해서 대충 자르거나 자르지 못함

- CTD - splicing 비례

   CTD가 자리를 만듬 → exin definition 도움 →factor binding 도움

- GST - splicing 비례, 꼭 필요한건 아님

- splicing에 도움을 주는 인자

  splicosome

  factor

  CTD

- 1/20 eukaryote 에서는 alternative splicing

  60퍼센트 사람에서는 alternative splicing

- A ㅡ B ㅡC -D D'- E - F F' - G - H - 의 경우

 2^6개의 다른 mRNA만둠 →alternative splicing

14.2.5 Control of splicing

14.3 Self-Splicing RNAs

14.3.1 group I introns

- RNA 자체에서 splicing을 함(enzyme, protein의 도움 없이)

- GTP-dependent self splicing

- linear intron, GTP가 intron에 들어감(intron 5'말단)

- GTP가 intron 5'말단 attack

→G가 하나 더 들어간 linear한 intron

- RNAworld의 증거: protein도 DNA도 없고 only RNA만 존재

14.3.2 group II introns

- RNA 스스로 일어나는 것: Ribozyme

- Linear intron →15nt attack → C-15 →L-15┐

                  └→19nt attack → C-19 →L-19